Fundada em 2003, a Confederação Brasileira de Empresas Juniores é o órgão regulador do MEJ nacional. A Brasil Júnior é composta por quatorze federações, são elas:
A Confederação tem como função zelar pela qualidade e desenvolvimento das empresas e as representar perante o governo, parceiros e sociedade.
A Brasil Júnior também promove a integração das empresas juniores, desta maneira ela apóia os eventos regionais organizados pelas federações, como o EFEJ, além de organizar o Encontro Nacional de Empresas Juniores, o ENEJ, anualmente.
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